La actividad del departamento de I+D de Ahidra, agua y energía, S.L. se centra en dos campos principales: uno en la mejora e innovación de los procesos existentes y en el desarrollo de nuevas tecnologías en el campo del tratamiento de aguas residuales y en la valorización de residuos orgánicos.
Estas actividades se realizan en parte en colaboración con universidades y centros tecnológicos de referencia a nivel estatal y europeo.
Actualmente se están llevando a cabo distintas líneas de investigación entre los que destaca el proyecto ManureEcoMine dentro del 7º programa marco de Investigación y Desarrollo Tecnológico de la Comisión Europea.