La activitat del departamento de I+D de Ahidra, agua y energía, S.L. es centra en dos camps principals, un en la millora i innovació dels procesos existents i en el desenvolupamant de noves tecnologies en el cap del tractament d´aigues residuals i en la valorització de residus orgànics.
Aquestes activitats es realitzen en part en col.laboració amb universitats i centres tecnològics de referencia a nivel estatal i europeu.
Actualment s´estan portant a terme distintes linees d´investigació entre les que destaca el projecte ManureEcoMine en el marc del 7è programa marc d´Investigació i Desenvolupament Tecnològic de la Comissió Europea.